一、矯正土壤結構、破除土壤板結 增加農作物的抗性，同時能矯正土壤的酸堿度，減少作物缺素癥，增強土壤中有益微生物的活性，加快土壤熟化。 二、減少病蟲害 活性枯草芽孢桿菌、膠凍樣芽孢桿菌、側孢短芽孢桿菌、解淀粉芽孢桿菌等產生大量的抑菌素，殺滅土壤中的有害菌，降低農作物的各種病蟲害，減少農藥的使用。 三、透氣保水省肥 增加土壤團粒結構和透氣性，能有效解決土壤酸化、板結、提高土壤保水保肥能力，增強作物根系活力。
一、定植穴施或溝施 穴施為佳，均勻混拌麥麩、碎磨稻糠、豆粕等有機質，若少量添加玉米粉、黃豆粉尤佳。施入后及時覆土。 二、底肥、有機質旋耕進土下 若第一次使用微生物菌劑，建議加倍用量，旋耕下底肥時使用。
一、避免開袋后長期不用 開袋后，其他細菌就可能侵入袋內，使微生物菌群發生改變，影響其使用效果。 二、避免在高溫干旱條件下使用 在高溫干旱條件下使用微生物肥料，微生物菌的生存和繁殖會受到影響，不能發揮良好的作用。 三、避免與未腐熟的農家肥混用 本品含有活性有機硅、碳酶活性腐植酸、以及包括氮、磷、鉀、在內的豐富的營養元素。不僅能為農作物提供全面營養，而且肥效長，可增加和更新土壤有機質，促進微生物繁殖，改善土壤的理化性質和生物活性。 四、避免與農藥同時使用 化學農藥都度地抑會不同程制微生物的生長和繁殖，甚至殺死微生物。 五、避免在陽光直射下使用 紫外線(波長240~280nm)對微生物菌有較強的殺菌作用，尤其是波長253.7nm殺菌作用最強，一般紫外線幾秒鐘就可達到殺菌效果。
1、習慣與化學農藥混用，降低活性 微生物肥料種含有活菌成分，將微生物肥料與殺細菌藥劑混合使用且長時間放置，極易影響菌的活性，造成部分菌死亡。 2、貪圖省錢，用量不足，效果打折扣 使用微生物肥料能取得好的效果，前提是要用足量。土壤中的微生物種類繁多，數量巨大，接種的外來有益菌要形株成優勢菌群，需要經歷來自環境的考驗和土壤原有微生物的競爭，為了促進有益菌的繁殖可以適量增加微生物菌的數量等。 3、使用方法不當 微生物菌劑使用方式靈活多樣，可做底肥、溝施、穴施、使用時采用局部用肥的方法會有利于肥效的發揮。
