腐植酸的原料來源可以分成兩大類：煤類物質和非煤類物質。前者主要包括泥炭、褐煤和風化煤；后者包括土壤、水體、菌類和其他非煤物質，如含酚、醌、糖類等物質，它們經過生物發酵、氧化或合成可以生成腐植酸類物質。煤類物質和土壤、水體、菌類等物質制得的腐植酸是天然腐植酸，其中煤類物質是天然腐植酸的主要原料。
在嫌氣環境下，死亡的植物殘體未得到完全分解便堆積形成泥炭。泥炭經過煤化后形成褐煤和煙煤物質。造煤植物在地下經歷了煤化過程的還原性元素，又在地表大氣和水的影響下發生緩慢的氧化水解反應，這時形成的就是風化煤。從泥炭、褐煤到風化煤這一過程中，腐植酸的含量和結構也發生變化，它們一方面反映出原始植物或煤的性質，另一方面又反映出還原和氧化的程度。
