向土壤施用畜禽糞便引起的變化令人十分擔憂
2008-2010年，中科院南土所在江蘇及全國十幾個省的調查及小區施用畜禽糞便試驗表明：
1、畜禽糞便中全氮含量較90年代初增加了25％，水溶性氮占總氮含量的15％，其中66％為水溶性有機氮，畜禽糞便中水溶性氮尤其是水溶性有機氮的流失對水體的影響不容忽視。
2、畜禽糞便中全磷含量較90年代初增加了76％，與農作物氮磷養分需求比例相比，長期施用有機肥易造成土壤磷素累積，畜禽糞便施用對農田土壤磷素的流失影響不容忽視。
3、畜禽糞便中鋅、銅、鎘殘留量較高，但與90年代初相比部分元素殘留量增加較多，如銅、鋅、砷、鎘、鉻等分別增加了388％、234％、782%、478％、426％，長期、大量的施用畜禽糞等有機肥，同樣可造成土壤重金屬累積與農產品重金屬污染。
4、畜禽糞便中各種抗生素尤其是磺胺類抗生素檢出率普遍較高，長期大量的施用畜禽糞有可能造成土壤抗性菌及超級病菌等的繁殖及擴散。
5、畜禽糞中沙門氏菌高于105 MPN/g的樣品檢出率達56.7%，四環素抗性菌含量普遍較高，部分商品有機肥中糞大腸菌群超標。
6、長期小區試驗表明畜禽糞施用增加了土壤重金屬、病原菌、抗性菌污染及次生鹽漬化風險，其可溶性碳、氮、磷和獸藥對水體也構成了一定的威脅，尤其是酸性土壤鎘污染；畜禽糞施用可使土壤中抗生素抗性菌與病原菌數量增加0.5-2個數量級，并致土壤中同時抗4種抗生素以上的多重抗性細菌比例顯著增加。
針對向土壤施用畜禽糞便產生的上述問題，應當嚴控有機肥安全投放。特別指出，不是有機物搖身一變就成為安全的有機肥，也不應該借化肥轉型唯有機肥是瞻，而是要依土壤健康需求正確選擇有機物。說千道萬，離開土壤血統什么都得考慮周期。
